dann musst du wohl mit dem Audio Delay Wert rumspielen.
Streams -> Streamlist
Rechte Maustaste auf die Tonspur -> Interleaving
dort bei "Delay Audio Track by" einen Wert angeben.
Postive Werte verschiebt die Tonspur nach vorne, negative Werte nach hinten

Welchen Video Codec hast du verwendet?