Megaman Reborn greift auf den Tastenpatch zurück, das bedeutet, dass eine Steuerung über ein Gamepad nur für die Tasten möglich ist, die nicht über den Tastenpatch belegt sind. Das heißt, selbst wenn sich Megaman mit Gamepad steuern ließe, müsste man immer noch über die Tastatur ins Menü. Beim Erstellen der Jump and Run "Engine" erwies es sich als schwierig aus dem Sprung heraus an Leitern zu springen, da der Maker nicht zulässt, dass man zwei Richtungstasten zeitgleich drückt. Man musste also genau abpassen, wann man auf dem Tile der Leiter war und konnte dann erst nach oben drücken. Tat man dies zu früh, stoppte die Vorwärtsbewegung, man kam nicht bis an die Leiter heran und fiel nach unten. Um dieses Problem zu umgehen wurde die Steuerung der Figur über den Tastenpatch geregelt, da dieser einem erlaubt sowohl nach oben als auch nach links bzw. rechts zeitgleich zu drücken und Leitern damit keine Fruststellen mehr darstellten. Daraus folgt allerdings, dass man das Spielen per Gamepad vergessen kann. Sprich: Mit deinem Gamepad ist alles in Ordnung, eine Lösung für dein Problem gibt es nur leider nicht.
Was die Steuerung über die Tastatur angeht, würde ich dir empfehlen mit dem Zeigefinger der linken Hand die Leertaste zum Schießen zu belegen und mit dem Mittelfinger auf C zu springen.