Kommt stark auf die Anwendung an. Auf meinen Desktop-Rechnern habe ich z.B. /home als separate Partition, damit behalte ich meine eigenen Datei und Einstellungen auch, wenn ich die Distribution wechsle (oder die Systempartition irgendwie schrotte). Auf Shared-Hosting-Servern ist es z.B. eine gute Idee, /var als separate Partition, weil da die kompletten Userdaten draufliegen. Kommt halt auf den Anwendungszweck an, eine generelle Empfehlung kann man da, denke ich, nicht geben.