Ähm, das ist doch offensichtlich.
Der PHP-Code <?php $js_on = 1; ?> wird immer ausgeführt, unabhängig von JS. Der Server parst den Kram ja erstmal und schickt ihn dann an den Browser (und PHP interessiert es herzlich wenig, ob JS um den Befehl rumsteht, das achtet nur auf <?php ?>). In Javascript kannst du nunmal keine PHP-Befehle einbetten.