Neuer Vorschlag: aptitude ausführen und alle Pakete außer dem Basissystem wieder runterwerfen. Dann mit apt die Desktop-Umgebung neu draufspielen. Das hat mir geholfen, als ich meine GraKa gewechselt hab und die neue vom von mir gewählten xwindow-Server nicht unterstützt wurde. Scheint bei dir ein vergleichbares Problem zu geben, dass der xwindow-Server ein Problem hat. Wenn du ihn mit apt (oder auch base-config) installierst, kannst du auswählen, welchen von etwa 20 XServern du benutzen möchtest. Du solltest dann den vorgegebenen wählen und nicht unbedingt den ati bzw. nvidia Server. Das Problem bei denen ist, dass die neueren GraKas nicht unterstützt werden. Bei nvidia z. B. werden GraKas der 6000er oder 7000er Serie nicht unterstützt --> der Server funzt nicht. Eine Neuinstallation mit dem vesa-Server, der vom System vorgeschlagen wurde, hat das Problem behoben.

Um das ganze mal zusammenzufassen:
1. mit aptitude alles außer dem Basissystem runterwerfen
2. mit apt oder base-config die Desktop-Umgebung installieren
3. den vorgegebenen Xwindow-Server auswählen
Wenn es dann nicht funzt, kannst du versuchen die Debian-Partition ganz zu formatieren und alles nochmal neu zu installieren, aber ohne Emulator.