Ja.
PCI-e is erstens, wie bereits gesagt wurde, zukunftssicher. Falls du dir z. B. in 2, 3 Jahren ein Game kaufst, für das deine alte GraKa nicht gut genug ist, sitzt du mit ner AGP-Karte aufm Schlauch, weil AGP bis dahin längst nicht mehr hergestellt wird. Mit PCI-e besteht dieses Problem nicht.
Ausserdem ist die Geschwindigkeit des PCI-E-Steckplatzes doppelt so hoch wie die von AGP. Da nützt die beste Karte nix, falls die Datenübertragung zu lahm ist.