Hach ja, mit dem Problem hatte ich bei meinem CMS auch zu kämpfen. Hier mal wie ich es gelöst hab (etwas unsauber, aber naja):
HTML-Code: 
<!DOCTYPE bla>
<html>
<head>
  [...]
  <!--[if IE]><link rel="stylesheet" type="text/css" href="/cms/style/standard/css/ie.css" /><![endif]-->
  [...]
</head>
[...]
</html>
ie.css:
Code: 
[...]
#navigation a {
  margin-bottom: -17px;
}
[...]
Wahrscheinlich ist das [if IE] etwas unschön und ließe sich genauer spezifizieren, wenn ich wüsste, in welchen Versionen der Fehler auftritt und in welchen nicht. Aber damit du ne Vorstellung hast