Sämtliche Dungeons wurden komplett umgebaut, sprich komplett neue Rätsel, wenn man das bei Zelda wirklich neu nennen kann.^^
Außerdem sind die Gegner dort um einiges stärker. Ob sie mehr aushalten, weiß ich nicht mehr, aber auf jeden Fall können sie heftig austeilen.

P.S. Der Limited Edition von Wind Waker lagen OoT und OoT-MQ bei. Gab auch noch ein paar andere Bundles und Aktionen, wie den Sterne-Shop auf nintendo.de, aber normal zu kaufen gibs das nicht mehr. Höchstens bei Ebay. Da sollte dann aber auch die normale OoT-Version bei sein.