Da ich gerade OoT nochmal durchgespielt habe, habe ich nochmal drüber nachgedacht.
Erstmal is klar, dass es auf jeden Fall Ungereimtheiten wegen eden Völkern usw. gibt, da Nintendo immer mehr dazu erfunden hat, aber das ignorieren wir ja bekanntlich.^^

Für mich steht nun auch definitv fest, dass OoT den Anfang bildet. Ok, is klar, da dort die Geschichte um Ganon erklärt wird.^^
Allerdings ist die Sache mit der Zeit da doch relativ knifflig.
Ich bin zu folgendem Schluss gekommen.

Link kehrt in seine Zeit zurück.
Die Frage stellt sich hier, was dort nach Links Rückkehr passierte. Wenn man es logisch betrachtet, müsste dort Ganondorf noch existieren und alles wieder identisch ablaufen.
Ich geh jetzt mal davon aus, dass Link zu dem Zeitpunkt zurückkehrt, an dem er das Masterschwert auch gezogen hat. Also müsste Link jetzt Ganondorfs Schreckensherrschaft erleben in den folgenden 7 Jahren. Tut er aber nicht, denn sonst würde es nach sieben Jahren 2 Links geben^^, es sei denn, er stirbt zwischendurch.
Stattdessen ist Link nach Termina gegangen und nie wieder zurückgekehrt.
In Hyrule vergingen 7 Jahre und die Zeiten trafen wieder aufeinander. Link taucht nun in der Zitadelle auf, befreit die Weisen usw.
Danach lebt er glücklich bis an sein Lebensende, während ein Teil von ihm in der Zeit zurückreist oder, was ich für wahrscheinlicher halte, Link verschwindet komplett und geht in seine Zeit zurück. Hier schließt sich der Kreis. Wo Ganon nun genau ist, wurde ja nie geklärt. Ich vermute mal im heiligen Reich.
Die Zeit läuft nun normal weiter mit den 7 Weisen usw. und alles läuft friedlich.

Auf jeden Fall kommen nun nach einer langen Zeit die anderen Teile.
ALttP muss eigentlich ans Ende, da Ganon dort bekanntlich stirbt, aber wie passt das zu TWW ? Verschwand die Flut irgendwann ?
Das ist der Knackpunkt denke ich. Eine so große Flut verschwindet ja nich einfach.