Ich war grad mal auf www.landofthelegend.net und hab dort neue infos über die story über Phantom Hourglass gefunden. Demnach ist PH definitiv nach TWW angesiedelt (Hier ist der Link zu diesen News!):

The game is a sequel to the The Wind Waker for the Gamecube, set several months after that game. Link, Tetra and her pirates are at sea exploring, questing to find a new homeland. In the middle of a dense fog, they find an abandoned ship, and Tetra goes to explore. When she gets into trouble, Link tries to rescue her, but he falls into the ocean and loses consciousness. Washed up on the shores of a mysterious island, he awakens to the sound of a fairy’s voice. With the fairy’s help, he sets off in search of Zelda, and a way back to where they belong.

Ich habs mal übersetzt:

Das Spiel ist eine Fortsetzung zu The Windwaker für den Gamecube, dass zeitlich gesehen einige Monate nach diesem Spiel angesiedelt ist. Link, Tetra und ihre Piraten erkunden das Meer, um ihre neue Heimat zu finden. In der Mitte eines dichten Nebels, finden sie ein verlassenes Schiff, und Tetra geht es erkunden. Als sie in Schwierigkeiten gerät, versucht Link sie zu retten, aber er fällt ins Meer und verliert sein Bewusstsein. Gestrandet an der Küste einer mysteriösen Insel, wird er von der Stimme einer Fee aufgewacht. Mit ihrer Hilfe, will er Zelda suchen und einen Weg zurück finden, zu dem sie gehören.

Wenn einige Übersetzungsfehler drin sind, dann liegts daran, dass ich jetzt kein Amerikaner bin, und perfekt englisch kann. Aber ich denke es ist ganz gut übersetzt.