Ich glaube nicht, daß man pauschal sagen kann:"xxxxx hat die Beste Story!"
Das kommt drauf an, was man sich von einer Story erwartet. Jeder hat da seine eigene Vorstellung und von daher wird man auch seeehr viele verschiedene Antworten auf diese Frage bekommen.
Meine Lieblings-Story ist die von Shadow Hearts (Teil 1), muß aber fairerweise dazusagen, daß ich bisher nicht besonders viele RPGs gezockt habe.