Ich glaube direkt auf das Programm kommt es gar nicht an, ob man laufende Videos auch aufnehemen kann oder nicht. Man muss im jeweiligen Player einfach den Overlaymodus ausschalten, dann geht das zumindest mit Media Player. Kann sein auch bei anderen, hab ich nur nicht selber aussprobiert.

Ansonsten empfehle ich auch auch SnagIt.