Der Zugang zur Kiste wird zunächst noch von einer Person versperrt, wie du vielleicht schon bemerkt hast.
Du musst erst mit den Turks im Schildkrötenparadies reden, dann kannst du die Kiste im Objektladen (ein Substanzgeschäft gibt es in Wutai nicht) in der oberen rechten Ecke öffnen. Mit dem Vater hat das eigentlich nichts zu tun, steht in manchen Lösungen falsch drin.

Dann wird Yuffie dir jedenfalls die gefundene Substanz klauen und sich in dem unteren rechten Haus hinter der vorziehbaren Wand verstecken.
Anschließend steckt sie in der Vase vor dem Schildkrötenparadies, und danach, nachdem sie erneut entwischt ist, musst du in den linken oberen Bildschirmabschnitt (da wo es auch die Pagode gibt), die kleine Treppe links hochlaufen und unter der kleinen Überdachung an einen Hebel ziehen, dann öffnet sich eine Geheimtür...