imho kann man das kaum vergleichen. wie basi schon sagte, in FF ist es jedes mal eine völlig neue, einzigartige story gewesen und in XS ist es nur eine, dafür aber gigantisch große und komplexe.
als spielereihen würde ich jederzeit FF bevorzugen, denn das ist einfach weitaus bedeutender für die rollenspielgeschichte. FF wurde nach draque die zeite große RPG reihe, die "große schwester aller konsolen RPGs". final fantasy hat eine 16 jahre lange geschichte hinter sich, die sich über viele konsolengenerationen zieht und viele innovationen auf dem gebiet gebracht, das genre stark beeinflusst hat. wenn man also nach einem nicht inhaltlichen standpunkt bewertet, spielt die xenosaga nur eine verschwindend geringe rolle im vergleich zu FF, auch wenn sich das, wer weiß, in zukunft ändern könnte (aber ich glaub nicht dran ...).

und was den inhalt angeht - es kommt schon darauf an, was man vergleichen und bewerten soll. vergleiche ich XG/XS mit einem einzelnen final fantasy, kann es gut sein, dass mir XG bzw. XS besser gefällt. als serie hätte es aber kaum eine chance gegen die größe und den umfang der gesamten FF-saga.
XS habe ich noch nicht gespielt, auch ist XS als serie noch lange nicht fertig, man wird also sehen müssen, was die zukunft bringt.