Zu Frage 1: Du könntest das Problem vielleicht so lösen, das du den RPGMaker deinstallierst und dann wieder neuinstallieren...
Dein Projekt solltest du natürlich sichern.
Es könnte aber auch darauf ankommen welche Datei du mit dem Ressource Hacker verändert hast. Falls es die Datei RTP_RT.exe ist könntest du einfach ein neues Projekt machen und die RTP_RT.exe Datei kopieren und die "gehackte" Datei löschen und dafür die "normale" Datei einfügen.

Zu Frage 2: Ich glaube nicht das es verboten ist, wenn man bedenkt das man den RPGMaker nur noch illegal im Internet bekommen kann.