prinzipiell würde es dein system verlangsamen...kommt auf den geschwindigkeitsunterschied an..(ist aber nicht allzu gravierend ~~)

zu den dateisystemen

FAT16
alle FAT-systeme verwenden die file allocation table (FAT, dateizuordnungstabelle). erfolgt ein dateizugriff, sieht das betriebssystem in der FAT nach, wo sich die datei auf der partition befindet und wie sie über die partition verteilt ist (fragmentierung).
die FAT befindet sich am anfang des datenträgers auf der äusseren spur 0, so dass bei jedem dateizugriff die köpfe zunächst dorthin bewegt werden müssen, wozu natürlich zeit nötig ist.

FAT32
mit FAT32 wird das grösste problem von FAT16 gelöst: die maximale partitionsgrösse wurde von 2 auf 32 gbyte erhöht.

NTFS
an die Stelle der FAT tritt bei NTFS die Master File Table (MFT), die im gegensatz zu FAT in form von dateien existiert. kleinere dateien und ordner befinden sich vollständig in dieser tabelle, so dass ein sehr schneller zugriff möglich ist. aufgrund der überprüfung der datei- und ordner-berechtigungen ist NTFS geringfügig langsamer als FAT.
der einsatz von NTFS macht erst ab einer partitionsgröße von etwa 400 MByte sinn, da für NTFS nötige systemdateien bereits einige mbyte belegen. NTFS-partitionen können bis zu 2^64 Byte groß sein, das entspricht 16 exabyte. das NTFS 5.0 von windows 2000/XP enthält zahlreiche erweiterungen, die unter NT4 (NTFS 4.0) nicht zur verfügung stehen: datenträgerkontingente, bereitstellungspunkte (mount points), verschlüsselung und das änderungsjournal gehören zu den wichtigsten neuerungen von NTFS 5.0.

ich würde trotz des kleinen geschwindigkeitsnachteils NTFS vorziehen, da es in punkto sicherheit einfach besser ist.