Macht er die Geräusche beim Starten des Rechners? Also beim POST (Power On Self Test) Oder beim Starten von Windows?
Wenn er die Geräusche beim POST macht, hat dies nichts mit Windows zu tun.

welches Programm benutzt du denn, um die eingescannten Bilder zu bearbeiten und zu welchem Programm schickt der Scanner die Bilder?
Meist verfügen die Programme selber eine Schnittstelle, um mit den Scanner kommunizieren zu können.