Ein sehr interessanter Ansatz.
Der Vorteil ist eindeutig die stärkere Einbeziehung des Spielers als aktiven Teilnehmer. Der Spieler hat direkten Einfluss auf das Spielgeschehen, wobei der Spieler das natürlich auch mitkriegen muss. Desweiteren erlangt das Spiel dadurch auch einen storytechnischen Wiederspielbarkeitswert, insbesondere wenn es mehrere Enden gibt.

Der große und eigentlich einzige Nachteil ist natürlich der unglaubliche Aufwand. Wie SDS gesagt hat, muss man aufpassen, daß der Baum nicht ins unermessliche wächst. Das Problem dabei ist, wenn der Baum zu dünn ist, wird dem Spieler vielleicht nicht bewußt, daß es auch gänzlich andere Stränge gibt, oder er sieht den Anreiz des Neuspielens für zu gering an.
Läßt man den Baum in die Breite wachsen, muss man zwangsläufig seine Höhe und damit die Gesamtlänge des Spiels beschneiden. Irgendwo sollte man einen Kompromiss aus Breite und Höhe des Baumes finden. Natürlich sind dann keine 50 bis 100 Spielzeit Megaepen mehr möglich, aber das muss jeder Entwickler selber wissen was er für ein Spiel machen will.
Mit geschickter Programmierung kann man sich einen Teil dieses Mehraufwandes, der durch IS entsteht, auch sparen. Ein einfaches Ruf-System kann dazu benutzt werden bestimmte Quests und damit eigene Handlungsstränge zu blockieren und andere zu öffnen. Natürlich bleibt die Arbeit die vielen einzelnen Stränge zu gestalten, aber man kann dafür zB die Anzahl der wirklich optionalen Sidequests kürzen, oder (wie ich es plane) eine Art "Random-Quest-Generator" für Sidequests einbauen. Dadurch kriegt man Arbeitskapazität, die man dann in die Ausarbeitung der weiteren Stränge schieben kann.
Eine weitere Idee wäre es vielleicht gar nicht so sehr die Anzahl der Knoten zu erhöhen sondern nur den Grad der Verästelung. Man erhält eine überschaubare Menge von Ästen, die man dann einzeln abarbeiten kann. Das erfordert allerdings ein wenig mehr Grips bei der Gestaltung der Knoten, weil wenn man einen Knoten von 5 verschiedenen anderen Knoten erreichen kann, kann es schnell zu Inkonsistenzen in der Story kommen, die man natürlich vermeiden sollte.

Insgesamt ein toller Ansatz, der hoffentlich in der kommerziellen Sparte Fuß fassen kann. Für Makergames sehe ich da wenig Möglichkeiten. Viele sind ja schon mit einem normalen linearen RPG überlastet und die Offenheit im Gameplay, die mMn eine Bedingung für gutes IS ist, gibt es auch in sehr wenigen Spielen.
Ich persönlich werde mir das Konzept für mein eigenes Spiel aber mal durch den Kopf gehen lassen (ich wollte eh keine besonders lange Story einbaueen).