Ich glaube, das habe ich schon mal beantwortet, aber OK:

Du schreibst den Link in der includeten Datei einfach so wie einen im Menü. Also etwa so:
PHP-Code:
<a href="index.php?content=soundso"> 
Und wenn der Link nicht schon drin steht, im Include-Teil, schreibst du ihn dann noch rein.
PHP-Code:
case "soundso": include("soundso.php"); break; 
In der verlinkten Datei müssen dann wieder <html>-, <head>- und <body>-Tag fehlen.

Falls du aber auf eine externe Datei verlinken willst lautet die Antwort: geht nicht, dazu brauchst du dann doch Frames.