Tag/Nachtwechsel
Meiner Meinung nach ein dickes Plus. Es ist athmosphärisch und bietet viel Raum für spielerische Effekte. Daneben ist es auch noch recht simpel einzubauen. (Ja Screentone reicht für den Nachteffekt)
Allerdings würde ich dem Spieler, insbesondere wenn es Ladenöffnungszeiten gibt, eine Möglichkeit geben eine bestimmte Anzahl an Stunden zu warten.
Und Corti, es HAT eine Auswirkung in SD3. Zum einen ist der Schwarzmarkt nur nachts offen und Kevin macht in seiner Nacht-Form etwas mehr Schaden als tagsüber und es kommen andere Gegner.
Tagesabläufe von NPCs sind sicher toll, aber mMn zu aufwendig, als das es sich wirklich lohnt.

Wetterwechsel
Eher dagegen. Es kann zwar Athmosphäre erzeugen, aber ob insbesondere bei Zufallswetter immer das passende Wetter vorherrscht ist fraglich und nicht zufällige Wetter machen da mMn die ganze Athmosphäre zunichte, Wetter ist nunmal nicht berechenbar. Aber auch nicht wahnsinnig wichtig, von daher ist man wohl besser beraten es wegzulassen.

Hunnger und Müdigkeit
Nutzen = nahe 0
Nervfaktor = Je nach Umsetzung mittel bis extrem hoch
=> Ein Fall für die Mülltonne.
Ehrlich, was für einen Nutzen bringt ein solches Feature? Entweder nervt es, weil der Spieler dauernd etwas zu essen suchen muss, oder seine Auswirkungen sind nicht spürbar, dann kann man es auch direkt weglassen. Die Realitätsnähe die es erzeugt ist kein Argument, wer sein Spiel möglichst realitätsgetreu machen will, hat eh andere Probleme.
Müdigkeit alleine kann allerdings als begrenzender Faktor genutzt werden. Albion benutzt dies ganz schön. Die Truppe wird nach einiger Zeit müde. Die Müdigkeit hat keinerlei negative Auswirkungen, aber die Truppe kann nur rasten wenn sie müde ist. Das Feature wirkt unerkannt im Hintergrund und verhindert effektiv, daß man mitten in Dungeons durch Dauerrasten powerlevelt oder ähnliches.

Minispiele
Kommt auf das Minispiel und seine Einbindung ins Spiel an. Ein Jahrmarkt ist sicherlich etwas nettes. Wie Kelven bin ich der Meinung, daß es eine Belohnung geben sollte und das Minispiel sollte zu 100% optional sein. Immerhin will der Spieler ein RPG spielen und keine Arcade-Sammlung.

Lichteffekte
Ich bin immer wieder erstaunt wie wichtig vielen dieses "Feature" ist. Ich halte es, wie Corti, für Schwachsinn. Gut genutzte Lichteffekte können die Athmosphäre verbessern, insbesondere in Innenräumen, ihr Verbesserungspotential ist aber bei weitem nicht so hoch, daß sie als "Must-Have" gelten sollten (was sie bei vielen leider tun). Dagegen haben sie, wenn schlecht gemacht, ein hohes Athmo-Zerstörungspotential und sind sicherlich recht arbeitsintensiv. Wer Zeichnen kann und dem die Dinger leicht von der Hand gehen, kann sie ruhig einbauen. Jedem anderen empfehle ich, erstmal keinen Gedanken an die Dinger zu verschwenden.

Karten
Schon eher ein Must-Have. Zumindest eine statisch aufrufbare Übersichtskarte mit eigener Position ist nett und erfordert wenig Aufwand. Je größer das Areal ist, in dem der Spieler sich frei bewegen kann umso wichtiger wird eine Karte.

Questlog
Definitiv ein Must-Have. Der Nutzen für den Spieler ist relativ hoch, da man nicht mehr alles im Kopf behalten muss (wie Corti gesagt hat, bei langen Spielpausen, die bei RPGs nicht unüblich sind, kann sowas sonst nerven), ein Nervfaktor oder Störung der Athmosphäre ist nicht vorhanden. Ausser der Faulheit des Spielautors gibt es eigentlich keinen Grund der gegen dieses Feature spricht.

Eigenes Menü / CMS
Wenn es notwendig ist, sollte es rein und dann auch das Standard komplett ersetzen. Kleine Dinge, wie Questlog oder Karte, können sicher über Skills oder Items "emuliert" werden, sobald die Anzahl der Zusatzfeatures des Menüs aber steigt sollte auf ein eigenes Menü umgestiegen werden. Ich halte relativ wenig von "Zusatzmenüs". Zum einen erfordern dann einige Menüoptionen einen zusätzlichen Klick/Tastendruck und zum anderen sehen die Menüs (Standard und Zusatz) normalerweise zwangsläufig so unterschiedlich aus, daß man merkt, daß sie nicht aus einem Guss sind. Zwecks einheitlichem Design und schnellerer Menüführung, sollte man dann zu einem komplett eigenen Menü greifen.

Eigenes Kampfsystem / CBS
Auf jeden Fall nur, wenn zwingend erforderlich. Das Kampfsystem ist für die meisten RPGs ein Schlüsselfeature mit dem viel steht und fällt. Die Standardkampfsysteme, insbesondere das des 2k3 lassen sich stark modifizieren und mit Gimmicks ausstatten, sofern man den eigenen Grips ein wenig anstrengt. Die wenigsten CBSs, die ich gespielt habe, waren wirklich notwendig und gut umgesetzt. Der Großteil hatte maximal die Features des Standardsystems, garniert mit einigen unnützen extras wie Zeitleiste statt Rundenbasiert, spielten sich allerdings extrem mies. In solchen Fällen eine Verschwendung von Zeit und Arbeit, die man besser in andere Bereiche investiert hätte.
Neben Lichteffekten, der größte Feature-GAU, den es in der Makercomm. als ganzes mMn gibt.

Transparente Textboxen
Wenns nett aussieht und die Schrift vernünftig lesbar ist, spricht hier nix dagegen, vor allem weil der Arbeitsaufwand minimal ist. Aber mit Sicherheit nichts, was zwingend wäre. Man kann ebenso mit einer schönen soliden Textbox leben.

Facesets
Ein "Feature", das ich gerne einbringen würde, ist die Verwendung von Facesets. Für viele ja ein wichtiger Bestandteil eines RPGs und die fehlende native Unterstützung für Facesets (obwohl leicht mit Pictures "emulierbar") im XP, war ja für viele auch ein valides Argument gegen den XP. Aber bis heute entzieht es sich mir, warum Facesets so extrem wichtig sein sollen. Unterschiedlich farbige Namen im Text, sind mMn ein ebenso valides Mittel in einem Dialog die Sprecher eindeutig zu identifizeren und auseinanderzuhalten. Andere verwenden statt Facesets, die bereits vorhandenen Charsets der Figuren. Sicher sieht es mit gut gezeichneten Faces besser aus, aber lohnt sich dafür wirklich der Aufwand passendes Facesets zu finden bzw. zu machen?