Oder kurz gesagt, einfach den Programmnamen mit Pfad angeben (Ausnahme: Programme in $PATH, also üblicherweise CWindows, CWindows\System und CWindows\System32 und im Ordner, in dem die Batchdatei liegt, brauchen keine Pfadangabe)

Beispiel: ausführen eines Javaprogramms und Fenster danach nicht schließen:
Code: 
java main
pause
oder auch
Code: 
java.exe main
pause
(Java fügt seinen bin Ordner automatisch zu $PATH hinzu)