1. Hat er ja nicht. Die Stelle in der er sie hochhebt und würgt ( nicht das am Ende!) ist ja eher ein Gedankenspiel in Shinjis wirren Hirn. Am Ende würgt er sie ja auch noch, hört dann aber auf und sie lebt.
2. Ja , schien mir auch irgendwie unlogisch, da sie ja eigentlich zerfetzt wurde. Vielleicht hat sie es aufgrund ihres Lebenswillen doch geschafft ihre menschliche Form wiederherzustellen (was ja laut Kaworu und Rei möglich ist). Oder es war ein Wunsch von Shinji. Doch da stellt sich mir dann wieder die Frage, warum er sie dann würgt...
Vielleicht ist das ganze ja auch eher symbolisch zu betrachten: Shinji und Asuka, Mann und Frau, Adam und Eva als die ersten Menschen.
3. Das waren die ersten Serienmodelle der Evangelions. Bisher waren es immer Prototypen bzw. noch nicht voll ausgereifte Modelle. Diese Evangelions aber haben eine S2-Engine, also unendlich viel Energie, weswegen sie keinen Strom brauchen, und sie benötigen keinen Piloten. Sie arbeiten mit dem Dummyplugsystem, das auch schon in EVA-01 verwendet wurde. Nur diesmal ist es Kaworus Seele (oder was auch immer) die sie steuert.