Dafür müsste man die Bibel kennen.
Lillith war die erste Frau Adams.
Sie wurde aber aus Garten Eden (bei NGE Neo Tokyo 3) verbannt.
Ihre 13 Söhne (bei NGE die Engel) wollten darauf hin in Eden eindringen und sich rächen.

Diese Geschichte steht aber nicht in der Christlichen Bibel, sondern AFAIK in der jüdischen Bibel.

Die EVAs waren Klonprojekte von Ikari Gendo.
In EVA-01 steckt z.B. die Gene von der Erbauerin des MAGIs.
Da sie Rei hasste, kann auch Rei mit EVA-01 nichts anfangen. EVA-01 ignoriert Rei.
EVA-00 besitzt die Gene von Ikari Gendo. Deswegen kann sowohl Rei, als auch Shinji damit umgehen.
Ich hoffe, dass stimmt noch so alles, da ich das schon seit Jahren nicht mehr angeschaut habe ^^