Zu Problem 1: Etwas rätselhaft, normalerweise sollten Autoreneintrag und Versionsnummer automatisch generiert werden. Versuch einmal den javadoc - Aufruf mit den Paramtern -version und -author, dann sollten sie ziemlich sicher dabei sein.

Zu Problem 2: Private Methoden möchte man normalerweise nicht in einer öffentlichen Dokumentation haben, deshalb nimmt Javadoc sie automatisch raus. Wenn du allerdings mit -private startest, sollten auch die drinnen sein.