Dafür brauchst du ein Authoring Tool, wie z.B. DVD Lab oder Adobe Encore DVD, etc.
Diese Programme sind aber nicht grad billig. Aber dafür komfortabler.

Wenn du IFOEdit benutzt, kannst du dort auch Chapters setzen.
Schreib in einer Text Datei untereinander auf, wo sich die Chapters befinden sollen (Angaben in Frames)
Also z.B.:
10000
15000
20000
25000

Wenn du dann die MPEG2 mit IFOEdit authorisieren willst, dann gibst du diese Textdatei unter dem Punkt "Position" an.
Die Frames kannst du ja mit Hilfe von VirtualDubMod ermitteln.