BTW, um die ursprüngliche Frage teilweise zu beantworten: Man kann im IE alphatransparente PNGs korrekt darstellen, dazu muß man sie aber über einen ActiveX-Filter laden, der mit keinen anderen Browser funktioniert.

Conditional Comments (weitere Informationen) können dir aber helfen, den Kram für IE und andere Browser zum Laufen zu bringen: Du steckst einfch den normalen Code rein und sagst per CC, daß der IE das nicht ausführen soll. Dann steckst du den IE-spezifischen Code auch rein und sorgst dafür daß nur der IE ihn ausführt (alle-außer-IE-Code von hier):
Code: 
<!--[if IE]>
Hier kommt der IE-spezifische Kram hin.
Weil dieser Kram in einem Kommentar steht interpetieren andere Browser ihn nicht.
<![endif]-->
<!--[if !IE]>-->
Das hier wird von allen Browser außer IE interpretiert.
<!--<![endif]-->