1. heißt kein Dateimanager unter Linux Explorer (du verwendest anscheinen nautilus).
2. hat Crash dir schon erklärt, wie du nautilus als root ausführst: su -c nautilus
3. ist die Usertrennung eigentlich einer der Grundsätze unter Unix-artigen Systemen. Du solltest nach Möglichkeit nie ein Programm als root ausführen, wenn es sich vermeiden lässt (was es hier ja tut).