AVISynth kann keine mkvs herstellen.
Das einzige, was es kann, ist ein Video "on the fly" herstellen und speichert frame für frame in den RAM, damit ein anderes Programm mit diesen Daten arbeiten kann. (abspielen oder encoden).
Mit VirtualDubMod kannst du mehrere Tonpsuren und Untertitel (nur SRT Scripte) reinladen.
Das geht alles unter Streams -> Stream List
Dort einfach alle Tonspuren und Untertitel reinladen, die du haben willst. (Mit dem Button "Add")

Ansonsten gibt es noch MKVToolnix. Damit kann man ebenfalls MKVs. Doch hier hat man auch die Möglichkeit ASS und SSA Scripte (und die dazugehörigen Schriftarten) zu verwenden.

Ich würde zuerst alle Dateien, die du brauchst, fertig machen. Also Video encoden, Tonspuren encoden und SRT Scripte herstellen.

Danach in VirtualDubMod alles reinladen.
Video -> Direct Stream Copy aktivieren
File -> Save as und als Datei typ MKV auswählen

Ich hoffe, dass hilft dir weiter.

Naja, ich persönlich bevorzuge XviD anstatt DivX ^^