Ich persönlich lass immer mit DGMPGDec eine *.d2v Datei aus den VOBs erstellen und bearbeite diese Datei mit Hilfe von AVIsynth. Und dann öffne ich nur noch das AVISynth Script mit VirtualDubMod und encode es.
Aber ich weiss nicht, ob du dir AVISynth benutzen willst. Da dies etwas mehr von einem Verlangt als nur blindes rumgeklicke.
Du könntest es mit DVD2AVI (nicht DGMPGDec) das Video ins AVI Format speichern.
Hierfür würde ich den Codec huffyuv empfehlen. huffyuv ist ein Lossless Codec, welches keine Kompressionsverluste hat. Allerdings wird das Video dadruch recht groß. (23 Minuten bei einer Auflösung von 640x480 ca 8 GB)
Dann kannst du es mit VirtualDubMod encoden.

Warum den Schritt mit huffyuv?
Da DVD2AVI wenig Einstellmöglichkeiten bietet.

Die Tonspuren kannst du ja mit DGMPGDec extrahieren. Dann hast du auch den Delay Wert, den du brauchst, wenn Video und Tonspur beim Zusammenfügen, nicht synchron sein sollten.
Tonspuren encode ich entweder mit BeSweet oder mit Winamp.
Momentan benutz ich mehr Winamp dafür, weil ich dafür weniger Klicks benötige ^^

In welchem Format liegen denn die Untertitel vor?
Oder existieren noch keine?