VOB Dateien kannst erstmal eh vergessen.
Das ist der DVD Container Format und diese sind gesplittet.
Mit dem Programm DVD2AVI kannst du das Video aus den VOBs extrahieren.
Mit der Modifizierten Version von DVD2AVI, Names "DGMPGDec" kannst du auch die Tonspur mit den dazugehörigen Delay extrahieren (falls deine VOBs einen Delay Zeit haben)
Ich weiss auch nicht, wie gut Matroska mit MPEG2 Video umgehen kann.
Du könntest dann mit MKVToolnix das MPEG2 Video und die Tonspuren in ein MKV Container packen
Allerdings weiss ich nicht, wozu das gut sein soll.
Kannst es doch als DVD lassen und als DVD brennen.