Einfach eine Szene rausschneiden geht schlecht, dafür spielen zuviele Faktoren ne Rolle, die das verhindern.
Zum einen, muss man ein Video komplett neu encoden, wenn man nicht von Keyframe (I-Frame) zu Keyframe schneidet. Da die B- und P- Frames durch die Keyframes berechnet werden.
Zum anderen, kann vdubMod nur im AVI Format speichern, d.h. wenn das ne MPEG ist, musst du es so oder so ins AVI Format encoden. Es sei denn, du benutzt ein Programm, was MPEG schneiden kann.

Wenn du ne Szene mit VirtualDubMod schneiden willst, dann wähle einen Bereich mit den Tasten "Pos1" und "Ende" aus und drück dann "entf" wenn du ihn weg haben willst.
Wenn du nur diesen Bereich haben willst, dann drück nicht "enft" sondern lass den Bereich so und encode ihn.