Der Encoder hat damit nichts zu tun.
Der Encoder bekommt lediglich die Bilder vom Programm und codiert diese.
Ich persönlich benutze für AVI -> MPEG2 AVISynth + HC_Encoder.
AVISynth ist eine Scriptsprache.
Wenn du AVISynth installiert hast, musst du ein kleines Script schreiben.
Das machst du, wie folgt:
Du öffnest ein Texteditor (vorzugsweise Editor) und schreibst folgendes

Code: 
AVISource(pfad + Dateiname.avi)
also, z.B.

Code: 
AVISource("d:\Mein Video\Mein video.avi)
Das speicherst du nun ab. Allerdings mit der Endung .avs
Nun startest du HC_Encoder. Dies ist ein kostenloser MPEG1/2 Encoder, der nur mit AVS Dateien arbeitet.
Öffnest dort das AVS Script, stellst den Encoder ein und encodest.