1. Unten links gibt es einige Optionen, neben "Above Hero", unter anderem "Slip Through", was denselben Effekt wie "Below Hero" im 2k hat.

2. Unterschiedlich. Ein Frame ist das einmalige durchlaufen der kompletten Spielschleife. Das Spiel versucht konstant mit 40 Frames pro Sekunde zu laufen, bei schwachen Rechnern kann dieser Wert aber auch darunter liegen.
Falls du die Option "Wait" in den Even-Commands meinst. Die Bezeichnung "Frames" ist dort nicht ganz korrekt. Ich habe mal geguckt, wie dieser Eventbefehl vom Interpreter behandelt wird. Der dort angegebene Wert wird mal 2 genommen und dann in jedem Frame jeweils um 1 runter gezählt.
Bei konstanten 40 Frames pro Sekunde, entspricht 1 Wait also 1/20 einer Sekunde. Da die Framerate aber schwanken kann, kann die genaue Zeit dort auch schwanken.

3. Wenn du das Menu disabeld hast, dürfte es eigentlich nicht mehr auftauchen, oder verwendest du eine eine modifizierte "Scene_Map" (Scripteditor)? Die "Passwort"-Funktion (Bezeichnung ist eigentlich falsch), sollte meines Wissens nach so wie im 2k funktionieren.