Ich hab' Smaragd zwar nicht gespielt und kann dir deshalb wegen der Storyänderungen nicht viel weiterhelfen, aber soweit ich weiß änderte sich primär (oder gar nur) die Sache rund um Team Aqua/Magma, welche zum Zeitpunkt des Erreichens dieser Wasserstadt ja schon dem Ende nah war.

Aber auch von den Features würde ich sagen, dass sich Saphir nicht lohnt, es ist ja das gleiche Spiel mit weniger Features als Smaragd