wenn du es mit VirtualDub schneiden willst, dann musst du es bestmöglich entweder unkomprimiert oder mit einem lossless Codec encoden, z.B. huffyuv. VirtualDub kann nur AVIs encoden. VirtualDubMod kann auch nur MPEGs decoden.
Es gibt aber ein MPEG Encoder, mit dem man auch unter VirtualDub MPEG encoden kann. und zwar YMPEG. Dieser ist aber leider nur Shareware.

eine weitere Möglichkeit wäre MPEG2Schnitt
Damit kannst du direkt MPEG2 schneiden (wenn das MPEG2 Videos sind) und direkt speichern.

Als Alternative kannst du auch AVISynth nehmen (in der Freeware Liste schauen)
Das ist eine Scriptsprache für Videobearbeitung. Dann kannst du das Script z.B. HC 0.15A als MPEG encoden (unter Downloads schauen).