Erstell eine Textdatei, nenn sie wattweißich.vbs .
öffne die Datei im Texteditor und füg sowas in der Art da ein:
Code: 
Set ShellWSH = CreateObject("WScript.Shell")

ShellWSH.Run """C:\Pfad\zum\Programm\proggy.exe""", 0, False
Das führt das Programm ohne Taskleisteninstanz aus.
Beenden kannst du das Programm dann allerdings nur über Strg + Alt + Entf. Also dem Taskmanager.

Eine andere Lösung wäre das Programm TrayIt, welches Programme in die Trayleiste (neben der Uhr) minimiert. Auch automatisch oder durch Rechtsklick auf's Schließen-X.
http://www.teamcti.com/trayit/trayit.htm
Ist kostenlos.