Ja, sie hat sie schon gesehen, Snake den Colonel und Raiden natürlich Rose. Aber das waren nicht die beiden, mit denen sie das ganze Spiel über über Codec geredet haben. Ihre Funkpartner wurden eben nur von dieser Künstlichen Intelligenz, die sich im Netzwerk des Pentagons gebildet hatte, in ihren Köpfen erschaffen, und zwar aus Teilen ihrer Gedächtnisse, weshalb die beiden auch wie die echte Rose und der echte Colonel aussahen. Die echten Rose und Colonel wussten von der ganzen Sache gar nichts. Ihre Gesichter wurden nur benutzt, da Raiden ihnen vertrauen würde.
Aber du hast recht: die Story am Ende ist echt Schwachsinn. Trotzdem verstehe ich, dass du's genauer wissen willst.