Welchen Video und Audio Codec besitzt das Video?
Und hast du die Codecs installiert?

zu VirtualDubMod:
Du musst Video -> Direct Stream Copy aktivieren, dann behält er das Video 1:1 bei und du kannst es schneiden. Allerding muss der erste Frame ein I-Frame (Keyframe) sein. Da die B- und P-Frames sich aus den I-Frame berechnen.
Wenn du das nicht berücksichtigst und der erste Frame ist entweder ein B- oder P-Frame, dann nimmst VirtualDubMod den I-Frame, der unmiitelbar vor deinem ersten Frame liegt.