Genau genommen handelt es sich hier um die spezielle Relativitätstheorie (es gibt noch die allgemeine, aber dort geht es um vierdimensionale Raumzeit-Krümmungen durch Gravitation, höchst kompliziert).
Reisen mit Lichtgeschwindigkeit sind prinzipiell unmöglich, das Gedankenbeispiel kann man lediglich mit einer Geschwindigkeit, die etwas weniger als die Lichtgeschwindigkeit beträgt, durchführen.
Deine beiden Systeme haben also unterschiedliche Geschwindigkeiten und unterschiedliche Strecken und zwar so, dass beide Zeiten gleich sind. Das ganze könnte man jetzt mathematisch durchrechnen, die spezielle Relativitätstheorie ist ja glücklicherweise nicht allzu schwer zu verstehen, doch habe ich die Formeln gerade nicht zur Hand.
Für deine letzte Frage allerdings ist das ganze Gedankenbeispiel überflüssig. In der speziellen Relativitätstheorie gibt es den Effekt der sogenannten Zeitdilatation: Für bewegte Objekte vergeht die Zeit langsamer als für ruhende Objekte (relativ zueinander gesehen). Dieser Effekt macht sich allerdings erst bei sehr hohen Geschwindigkeiten nahe der Lichtgeschwindigkeit in der Praxis bemerkbar. In deinem Beispiel ist es nun so, dass die Leute am Bahnhof A JÜNGER sind als die Leute am Bahnhof B nach der Durchfahrt, da für sie weniger Zeit verging als für die anderen.