Ja, so etwa 1/3 der Topics sind missable, aber das ist nicht weiter schlimm, wenn es dir nicht um 100% geht. In Ar tonelico 1 haben die auch noch so ganz ganz miese Bedingungen. In den anderen beiden sind die humaner, aber man sollte dann trotzdem eine Liste an Bedingungen ausdrucken und die beim Zocken neben sich liegen haben. Ansonsten gibt es aber nichts, was wirklich missable ist (außer natürlich den Sachen, die durch bestimmte Routen aktiviert werden). (ggf. bei Teil 2 und 3 vorher informieren um die Saves an den richtigen Stellen zu setzen und richtige Route zu bekommen)

Das Spiel bleibt so wie es schon am Anfang war. Ich habe das ganze Spiel über ohne Ausrüstung gekämpft und es war trotzdem kinderleicht

AT2 ist da etwas fordernder mit recht schweren Optionalen Bossen (besonders, wenn man sie so früh wie möglich besiegen möchte). AT2 ist qualitativ auch bei weitem der beste AT-Teil.
AT3 hat dann wieder eine grausame Balance, aber da das KS dort eh suckt nicht wirklich tragisch.

Schwierigkeitsgrad ist bei GUST-Spielen generell immer sehr einfach, vor allem wenn man das System ausnutzt (was man bei einem Alchemie-Spiel ja aber auch tut, das ist ja der Sinn beim Item Erstellen)
Ich denke bei der Atelier-Serie sieht es etwa so aus:
AI1: guter Schwierigkeitsgrad, recht fordernd gegen Ende ohne Waffen-FAQ, sehr schweres Bonus-Dungeon
AI2: alles sehr einfach
AI3: alles sehr einfach bis auf optionale Bosse
MK1: sehr einfach bis auf leider verbuggtem Bonus-Dungeon im NG+
MK2: sehr einfach