Geh mal auf diese Seite und laß Dein Hijack-Log dort analysieren. Dann siehst Du, welche Prozesse böse und welche sicher sind, lies am besten das Log durch um zu sehen, was das alles ist. Hijack stuft zum Teil Prozesse als böse ein, die es nicht sind, weil es sie noch nicht kennt.
Gegen die Prozesse, die dann als "nasty" eingestuft werden und bei denen Du nicht sicher bist, daß sie zu etwas gehören, was sicher ist, solltest Du was tun. Zunächst im HijackThis markieren und den entsprechenden Registry-Eintrag beheben lassen und dann die Datei selber löschen. Wenn Windows nicht mag, dann startest Du im Safe Mode und machst es dort.

Dazu empfehle ich noch den Security Taskmanager runterzuladen (gibt 'ne kostenlose Light-Version, die aber ausreicht). Das ist ebenfalls ein Programm, was Prozesse analysiert und Dir sagt, was gefixt werden sollte. Gehe dort ebenso vor wie bei Hijack, dann sollten erstmal alle aktiven Viren verschwunden sein. Am Ende empfiehlt sich noch ein Tiefenscan mit dem Virenscanner sowie ein Windows Update, um die Sicherheit zu erhöhen.

Wenn es danach immer noch Probleme gibt, versuch zunächst, die Windows-Installation zu reparieren (CD einlegen, booten und Reparieren auswählen) und wenn das immer noch nichts hilft, dann formatieren.