Aus meinen Erfahrungen würde ich sagen, dass der PC an sich nicht unbedingt langsamer wird, sondern das navigieren durch den Explorer wird langsamer. Also wenn ich auf einer meiner 200GB Platten zugreifen will, dauern die ersten paar Klicks durch die Ordner schon immer ne Sekunde (bis er sich dran "gewöhnt" hat). Kommt daher, weil von den 200GB (netto 186,31GB) nur noch ca. 5GB frei sind.
Auf einer weiteren 200GB Platte sind soch 25GB frei. Da habe ich noch keine "Verzögerung".

Ich benutzte auf allen Platten NTFS.