Ich versuche eine Theorie:
Zeitlich gesehen spielt OoT vor allen Anderen Zelda-Spielen, da es mit Ausnahme von MM das einzigste Zelda-Spiel ist, wo Link ein Kind war (und MM spielt eindeutig nach OoT, wenn man das Intro kennt [ein gewisses Pferd]. Nach den Untergang der Shiekah, den Link0 erwähnt hat, hat das Auge keinen besonderen Nutzen mehr. Da haben sich die Bösewichte (Veran und Agahnim eben) halt das Augensymbol geklaut. Die Träne hat eigentlich nie existiert, weil Link ja Ganon besiegt hat und der alte König dadurch von Ganon nicht getötet worden ist.
Das Auge gilt auch als Symbol der Seele. Wenn man sich die Augensymbole der Beiden genauer ansieht, fällt auf, dass es mehr eckig und zackig als rund und gebogen ist. Zacken und Ecken sind die Merkmale des Bösen (Sieht man deutlich bei Veran). Es soll symbolisieren, dass sie eine böse Seele haben. Wer noch Fragen hat, meldet sich!

Der Klugsche**er hat gesprochen.