Entweder war die Diskette oder vielleicht das Inet bzw. diverse Emails ausschlaggebend, auf jeden Fall hört sich das stark nach dem Virus an, mit dem ich ebenfalls erst vor kurzem eine unangenehme Bekanntschaft gemacht habe:

Es traten in etwa die gleichen Symptome auf wie in deinem Fall. Angefangen hat's kurz vor der Formatierung aller Partitionen, da fiel mir nämlich schon auf, dass ein paar Dateien mit keinem Befehl gelöscht werden konnten (im MS-DOS Modus versteht sich). Diese Dateien haben sich recht schnell verbreitet und belegten ca. 2-3 Gigs an Speicherplatz, zudem bestanden deren Namen aus endlosen Zeilen, weshalb ich bestimmt 'ne halbe Stunde rein an Scandisk (kurz vor der Formatierung der Partitionen) saß, bis dieser diese Dateien in seine berühmten *.chk's umwandelte. (Normalerweise ist man das eher von verlorenen Dateifragmenten gewohnt)

Und genau diese Dateien (und Ordner) sind afaik unbrauchbar. Er wandelt "lose" (verlorene) Dateien ohne feste Zuordnung entweder in diese *.chk's um, oder er gibt sie frei, wobei ich letzteres noch nie probiert habe, ich denke aber, dass einem das noch weniger nützt als seine kovertierten Dateien, denn letztendlich kann man sie doch nur löschen.

Es hat auch den Anschein, dass dein Virus für Windows lebenswichtige Dateien angegriffen hat.

An deiner Stelle würde ich - sofern das irgendwie möglich ist - das wichtigste retten und es - bevor du es hinterher wieder draufkopierst - erst von einem virenscanner durchchecken lassen, meine Empfehlung: Trendmicro - Housecall

Nach der Rettung würde ich ausnahmslos alle Partition formatieren und ggf. 'nen neuen MBR schreiben, um auch dort vor Viren vorzubeugen. (boote hierzu mit einer Boot-Diskette und gib den Befehl FDISK /MBR ein)