So, ist zwar schon ne Weile her, aber vielleicht hilft es ja mal jemanden:
Es lag wirklich am Mainboard. Sobald Mainboard Temperatur auf 46 Grad angestiegen ist, waren die oben beschriebenen Fehler da. Eigentlich erreicht mein Board diese Temperatur gar nicht, sondern bleibt irgendwo bei 36, aber aus irgendeinem Grund, wurde der Chip des Boards heißer, als normalerweise, obwohl ich an der Kühlung nichts verändert habe.

Später sind noch ganz andere Sachen passiert:
Bios löscht sich selbst 6x hintereinander. (I Love CrashFree BIOS 2) Also Bios wieder raufgemacht, neugestartet -> dann wars auch schon wieder weg. (Ich weiß, wie man Bios flash macht) Nach dem 6ten Mal, hat ers dann endlich begriffen, das er es braucht, um zu funzen.
USB Anschlüsse hatten keine automatische Erkennung mehr. Immer wenn ich was angestöpselt habe, musste ich neustarten.

Schon geil, sowas passiert einem auch nicht jeden Tag.