Mal folgendes Ausprobieren:
Von Setup CD booten. Die Wiederherstellungskonsole aufrufen.
Die Befehle

FIXMBR C:
FIXBOOT C:

aufrufen. Danach

COPY xI386\NTLDR C
COPY xI386\NTDETECT.COM C

(wobei x: für den Buchstabe des CD ROM Laufwerks steht!)

Kann vielleicht sein, dass der Bootsektor geschädigt ist und deshalb nicht startet.