PHP dient dazu, dynamisch zu generieren, also auf bestimmte Umstände anzupassen. Wenn eine PHP-Seite aufgerufen wird, wird sie vom Server auseinandergenommen und ausgewertet. Dieser schickt sie dann als reines HTML an den Browser zurück. PHP ist dann ganz praktisch, wenn man auf einer Seite etwas braucht, dass sich auf den Benutzer anpasst und sich selbständig verändert, ohne das man als Ersteller etwas dazu tuen muss. So kann PHP zum Beispiel automatisch die Besucheranzahl zählen und anzeigen. Das wäre mit einfachem HTML nicht möglich.

Javascript ist eine Scriptsprache, mit der man Javascripts schreiben kann. Die sind in der HTML-Seite integriert und können zur Laufzeit der Seite (also während du sie im Browser betrachtest) die Saeite und ihren Inhalt verändern. So kann zB ein Popup geöffnet werden oder ein Countdown runtergezählt werden. Javascript ist für manche Dinge recht praktisch, auch in Zusammenarbeit mit PHP. Zusammen geben die beiden ein gutes Team ab JS wird aber oft missbracuht und für irgendwelche sinnlosen Spielereien verwendet.

MySQL ist ein Datenbanksystem bzw. auch die Befehlssprache, mit der diese gesteuert wird (ich hoffe ich vertue mich da nicht ) Du kannst mit MySQL zB Benutzer verwalten oder wie hier im Forum Beiträge und Themen speichern - einfach wenn du Daten (Text, Zahlen, Namen usw...) abspeichern willst und sinnvoll verwalten willst, auch wenn der Browser schon längst geschlossen ist (das können HTML/Javascript nicht!).
MySQL macht eigentlich nur in Verbindung mit anderen Programmen bzw. Programiersprachen wirklich Sinn - zB mit PHP. (Da siehst du mal wieder, wie alles zusammenpasst )

Mit allen dreien (du solltest am besten alle lernen, sie sind eigentlich recht einfach :P) kann man tolle Sachen wie zB dieses Forum hier programmieren (OK, da muss man schon seeeeehr gut sein ) und man steigt sozusagen in eine höhere Klasse der Webentwickler auf :P

Ich hoffe dieser kleine Einblick hat dir ein wenig geholfen