Bei dem "Klon" handelt es sich um Zack. Dass man ihn für einen Cloud-Klon halten kann, ist aber verständlich: Einfach das Cloud-Char-Modell genommen, und nen neuen Kopf draufgeklebt. Jaja, Squaresoft, ein ausbund an Fleiß...
Und man kann nicht gegen Zack kämpfen, ihn ins Team holen, oder sonstwas mit ihm anstellen. In der Zwischensequenz sieht man, wie er erschossen wird. Das steht auch in den Büchern in der Villa (im Raum, wo man Sephiroth getroffen hat).

Hier wird das Thema "mit Zack interagieren" auch erwähnt.