Zu 1. kann ich recht wenig sagen ^^
Zu 2. Du brauchst nur den LAME encoder und schon können (fast) alle Programme mit LAME encoden.
Zu 3. Dieses Phänomen ist schon seit Jahren bekannt. Das liegt am Programm selber. Warum und wieso dieses Geräusch entsteht, kann ich dir leider auch nicht sagen. Ich denke einfach mal, das ist das Signal der Pause. Audio CDs besitzen eine Pause zwischen den Liedern. Sicherlich hört sie sich dieses Digitale Signal so an, wenn man es Analogg abspielt. Neuere Programme schneiden einfach dieses Räuschen raus oder besitzen zumindest eine Funktion, wo man das Rausschneiden aktivieren kann.