Hm ... gar nicht so einfach, spontan fällt mir jetzt kein traditionelles Rollenspiel ein, das einen 2-Spieler-Modus hat, der sich auf alle Aspekte des Gameplays bezieht. In FFIX kann man ja immerhin die Kämpfe zu mehreren spielen, aber sonst ...

Das Problem besteht wohl darin, dass die meisten Multiplayer-Spiele in dieser Richtung Action-RPGs sind, und dieses Genre hat es so an sich, storymäßig für gewöhnlich nicht an das Niveau eines FFs heranzureichen.
Falls dir das nichts ausmacht und du es nicht schon kennst, so würde ich Seiken Densetsu 2, 3 und SD: Legend of Mana empfehlen, allerdings wird das wohl nicht wirklich deinem Wunsch entsprechen.

Vielleicht hat ja noch jemand anders hier eine Idee.